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Les infections soignées par des bactériophages

   Dimanche 2 juin, 2019

Alors que les cas d’infections résistant aux antibiotiques augmentent, la recherche manifeste un regain d’intérêt pour les phages, des virus ciblant les bactéries.

Ce sont des virus redoutables qui peuvent vous sauver la vie. Leur doux petit nom? Les bactériophages, ou juste phages pour les initiés. Connus depuis les années 1910, ces organismes passent encore trop peu souvent sous les microscopes des chercheurs. Ils savent pourtant faire des miracles dans le milieu médical. Isabelle Holdaway, une adolescente britannique, peut en témoigner. Luttant depuis des mois contre une grave infection des poumons qu’aucun antibiotique n’arrivait à combattre, elle se voyait donner une chance de survie de 1% par les médecins. Avant qu’un traitement expérimental à base de phages la tire soudain d’affaire. Même happy end en Israël récemment, rapporte un article de la revue «Capsid & Tail». Un accidenté de la route de 42 ans, souffrant d’une infection des os insensible à tous les antibiotiques, a pu guérir en quelques jours grâce à un traitement du même type, échappant ainsi à une amputation certaine des jambes. «Les phages sont des virus n’infectant que les bactéries dont ils ont besoin pour se reproduire, explique Grégory Resch, directeur de projet au Département de microbiologie fondamentale de l’Université de Lausanne (UNIL). Ils tuent leur hôte, ce qui en fait des agents capables de mettre fin à une infection sans entraîner d’effets secondaires notables pour le patient.»

Moins toxiques que les antibiotiques

Et pour cause. Les bactériophages sont présents naturellement dans la biosphère, en particulier dans les rivières, mais aussi dans le corps humain, «dans la bouche, sur la peau, dans les intestins», détaille Grégory Resch. À chaque phage son péché mignon. L’un, par exemple, n’affectionne que Staphylococcus aureus, ou staphylocoque doré. Un autre va cibler exclusivement les streptocoques. Leurs pouvoirs de superhéros face à certaines infections, même les pires (excepté la tuberculose et la maladie de Lyme, sans phages efficaces connus), intéressent logiquement de plus en plus la recherche scientifique. Les spécialistes y voient une partie de la solution à la crise de la résistance aux antibiotiques, les cas rapportés de bactéries rendues impossibles à éradiquer se multipliant dans le monde et rendant les médecins démunis devant certaines infections critiques. «Les traitements par les phages suscitent également l’intérêt parce qu’ils représentent une méthode moins toxique, ne s’attaquant pas aux bactéries utiles du corps», éclaire le Pr Pierre-Yves Bochud, responsable de l’Unité des isolements au sein du service de maladies infectieuses du CHUV. Dans la réalité, on redécouvre plus qu’on découvre les effets des bactériophages.
Ceux-ci, identifiés en Europe pendant la Première Guerre mondiale, ont en effet rapidement été utilisés pour soigner des infections au cours des années 20 à 50, lorsque les médecins n’avaient pas accès aux antibiotiques. «Ce recours est finalement tombé en désuétude, relève Grégory Resch, sauf dans les pays du bloc soviétique, où les phages ont continué à faire partie de la panoplie des traitements contre les infections.» En Géorgie, en Pologne et en Russie, on combat couramment certaines d’entre elles avec de telles méthodes, notamment la shigellose, une grave maladie infectieuse de l’appareil digestif. Une tradition bien vivace, avec ses médecins, ses instituts spécialisés, qui pousse de plus en plus de patients occidentaux à passer à l’Est pour tenter de faire soigner une infection résistante. «J’ai connaissance de plusieurs cas de patients qui sont partis là-bas pour de telles raisons médicales, et qui sont revenus guéris», informe le chercheur de l’UNIL. Les scientifiques européens et américains, qui opèrent un nouveau coup de projecteur sur les phages depuis quelques années, regardent évidemment de près ce qui se pratique dans ces pays, multipliant même les collaborations pour profiter des connaissances acquises pendant des décennies dans le domaine.

Traitement de longue haleine

Car traiter un patient avec des bactériophages est loin d’être aussi facile que faire avaler une pilule. L’approche doit être individualisée. Les étapes sont nombreuses et demandent du temps, ce qui en fait une méthode inadaptée pour les situations d’extrême urgence, comme l’expose Pierre-Yves Bochud. «Un tel traitement nécessite une préparation de plusieurs jours. Il faut avant toute chose isoler la bactérie responsable de l’infection puis vérifier les effets des antibiotiques sur elle, ce qui prend au moins deux jours. En cas de multirésistance avérée, on va alors tester une série de phages afin d’identifier ceux qui sont actifs sur cette bactérie, ce qui demande de trois à quatre jours supplémentaires. Le ou les phages efficients devront ensuite être préparés selon un protocole précis avant d’être administrés au patient.» D’ailleurs, comment est-on censé transmettre de tels virus à quelqu’un? C’est là que les choses se compliquent encore un peu. «La vérité est qu’au stade actuel de la recherche, on ne sait pas encore très bien quelle est la meilleure méthode pour administrer des bactériophages à un patient, fait remarquer le professeur du CHUV. Les données en la matière sont trop approximatives et des zones d’ombre subsistent.»
Dans les pays de l’Est, rodés depuis des lustres à ces techniques, il existe pourtant des recettes standardisées. Inhalation en cas de maladie pulmonaire, solution à injecter ou à appliquer sur les lésions pour d’autres catégories de pathologies… «Mais ces protocoles reposent en fait sur un substrat bien trop mince de travaux scientifiques, souvent anciens, note Pierre-Yves Bochud. Dans les années 20 et 30, époque durant laquelle une grande partie des recherches connues ont été conduites sur les phages, il n’existait pas encore de méthodes comparatives rigoureuses, ni d’observations cliniques de grande ampleur, ni de dispositions légales pour encadrer les indications et modes d’administration reconnus pour ces traitements.»
Une approche qui n’a ainsi pas pu bénéficier complètement des apports de la science moderne, contrairement à celle des antibiotiques, qui furent adoptés en masse après-guerre car plus simples à fabriquer, à stocker et à administrer. À ces carences en connaissances s’ajoutent en outre des doutes quant à son efficacité universelle. «La phagothérapie ne fonctionne pas pour tout le monde», fait remarquer Grégory Resch. Ce qui arrive peut-être plus souvent qu’on le croit, avance Pierre-Yves Bochud. «Les cas de guérison spectaculaire par les bactériophages ont un grand retentissement dans les médias, mais combien d’autres, qui n’ont pas marché, restent ignorés? Cette méthode de traitement est dans la théorie très séduisante, mais en l’absence de travaux académiques sérieux sur le sujet, on peut questionner les conditions de son efficacité réelle.»
Ce qu’il reste à faire, donc? Compiler des banques de phages, étudier en profondeur leur action sur les infections, établir des protocoles cliniques qui puissent mener à une administration de routine, comme n’importe quel médicament. En attendant, le recours à ces virus demeure dans un cadre expérimental, surtout réservé «en traitement de dernier recours en cas d’infections qui se montrent résistantes à tous les antibiotiques», souligne Grégory Resch. «Dans un premier temps, les phages vont demeurer une option complémentaire aux antibiotiques pour traiter les cas difficiles, prophétise Pierre-Yves Bochud, mais dans l’avenir, ils pourraient remplacer ces antibios pour certaines catégories d’infection peu sévères.»

Nicolas Poinsot

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